কখন হোমোলজি ব্যবহার করবেন?

2024 লেখক: Elizabeth Oswald | [email protected]. সর্বশেষ পরিবর্তিত: 2024-01-13 00:04

হোমোলজি মডেলগুলি সম্পর্কিত প্রোটিনের মধ্যে সূক্ষ্ম পার্থক্য সনাক্ত করতেও ব্যবহার করা যেতে পারে যেগুলি সমস্ত কাঠামোগতভাবে সমাধান করা হয়নি । উদাহরণ স্বরূপ, পদ্ধতিটি Na⁺/K^{+ ATPase-এ ক্যাটেশন বাইন্ডিং সাইটগুলি সনাক্ত করতে এবং বিভিন্ন ATPase-এর বাঁধাই সম্বন্ধে অনুমান প্রস্তাব করার জন্য ব্যবহার করা হয়েছিল.}

হোমোলজি মডেল কিসের জন্য ব্যবহৃত হয়?

হোমোলজি মডেলিং হল কম্পিউটেশনাল স্ট্রাকচার ভবিষ্যদ্বাণী পদ্ধতিগুলির মধ্যে একটি যা এর অ্যামিনো অ্যাসিড সিকোয়েন্স থেকে প্রোটিন 3D গঠন নির্ধারণ করতে ব্যবহৃত হয়। এটি গণনাগত কাঠামোর ভবিষ্যদ্বাণী পদ্ধতির মধ্যে সবচেয়ে সঠিক বলে মনে করা হয়। এটি একাধিক ধাপ নিয়ে গঠিত যা সহজবোধ্য এবং প্রয়োগ করা সহজ৷

হোমোলজি মডেলিং কি এবং কেন এটি প্রয়োজন?

হোমোলজি মডেলিং টেমপ্লেট এবং টার্গেট সিকোয়েন্সের মধ্যে সাদৃশ্যের উপর ভিত্তি করে একটি লক্ষ্য প্রোটিনের ত্রিমাত্রিক গঠন অর্জন করে এবং এই কৌশলটি কার্যকর প্রমাণিত হয় যখন এটি মেমব্রেন প্রোটিন অধ্যয়নের ক্ষেত্রে আসে GPCR-এর মতো স্ফটিক করা কঠিন কারণ এটি … এর উচ্চতর ডিগ্রী উপলব্ধি করে

আপনি কীভাবে হোমোলজি মডেল করবেন?

হোমোলজি মডেলিংয়ের সাথে জড়িত বেশ কয়েকটি ধাপ রয়েছে৷

1. আপনার লক্ষ্য ক্রম ব্যবহার করে টেমপ্লেট নির্বাচন। এই উদ্দেশ্যে আপনি সমস্ত উপলব্ধ প্রোটিন কাঠামোর (PDBs) বিরুদ্ধে BLASTp অনুসন্ধান করতে পারেন। …
2. টেমপ্লেট এবং টার্গেট সিকোয়েন্সের সারিবদ্ধকরণ। …
3. আপনার মডেলের গুণমান। …
4. পরিমার্জনসেই অনুযায়ী আপনার মডেল।

কী একটি ভালো হোমোলজি মডেলিং করে?

যদি আমরা পরীক্ষামূলক কাঠামো থেকে <=2 Å rmsd সহ একটি "অত্যন্ত সফল হোমোলজি মডেল" সংজ্ঞায়িত করি, তাহলে টেমপ্লেটটিতে অবশ্যই >=60% সাফল্যের লক্ষ্যের সাথে ক্রম পরিচয় থাকতে হবে হার >70% এমনকি উচ্চ সিকোয়েন্স আইডেন্টিটি (60%-95%) এও, দশটি হোমোলজি মডেলের মধ্যে একটির একটি rmsd >5 Å বনাম